Flora

Najveću površinu čine šume i šumska zemljišta. Sa svojom raznovrsnom vegetacijom predstavlja pravi „muzej u prirodi“, u kome su prisutne višestruke kombinacije zajedničkog života biološki različitih vrsta drveća. Naizraženiji pojas šuma u klisuri je hrastov pojas, unutar kog su očuvane termofilne šumske zajednice. To su površine pod šumom hrastova sladuna i cera (Quercetum frainetto-cerris). Na krečnjacima u istom pojasu kao osnovni tip se javljašuma cera i graba (Quercetum cerris-carpinetosum orientalis). Na grebenima i međudolinskim kosama srećemo kitnjakovu šumu tipa: Quercetum petraea, a u uvalama i na strmim osojnim stranama brdsku bukovu šumu (Fagetum submontanum). Na većim nadmorskim visinama, iznad 800 m, brdska bukova šuma prelazi u planinsku (Fagetum moesiacae montanum). Kao i u većini klisura Srbije i ovde je karakteristična pojava inverzije vegetacije: u nižim delovima nalaze se mezofilnije a u najvišim, termofilniji tipovi šuma. Izuzetna primer ove pojave je i dobro očuvana reliktna zajednica javora, graba i bukve (Aceri-Ostryo-Fagetum). Povećana vlaga vazduha i ukupna zaklonjenost u krečnjačkim uvalama, kroz koje protiču brojni potoci, su omogućili bujan razvitak vegetacije sa mnoštvom drvenastih vrsta.

Jedna od glavnih odlika klisura, pa i ove, je da su one refugijumi retke i reliktne flore i vegetacije. U grupu reliktnih zajednica izuzetno važno mesto zauzimaju ostaci šume crnog bora, koji se nalaze na okomitim krečnjačkim stenama Ovčara na oko 900 m.n.v. Bežeći od konkurencije drugih vrsta, crni bor je na krečnjačkoj litici očuvao svoje prirodno stanište. Unutar klisure, odmah ispod strmih krečnjačkih litica i grebena planine Kablar, očuvala se još jedna reliktna biljna zajednica sa specifičnom fitoklimom i zemljištem pod nazivom Rusci aculeati-Quercetum mixtum, gde se u prizemnom spratu javlja kostrika (Ruscus aculeatus).

Najvažnije za ovu klisuru, bilo da se radi o izdanačkim šumama, ili o šibljačkim formacijama, u hrastovom ili prelaznom hrastovo-bukovom pojasu je prisustvo reliktnih vrsta iz perioda tercijara kao što su: crni grab (Ostrya carpinifolia), cer (Quercus cerris), hrast kitnjak (Quercus petraeae), crni jasen (Fraxinus ornus), klen (Acer campestre), sitnilisna lipa (Tilia parvifolia), ruj (Cotinus coggygria), dren (Cornus mas), kalina (Ligustrum vulgare), pavit (Clematis vitalba), kurika (Evonymus verrucosa) i druge, tako da u nacionalnom okviru ima velikog značaja kao refugijalno stanište retkih i reliktnih biljnih vrsta i doprinosi očuvanju i povećanju genetskog, specijskog i ekosistemskog diverziteta.

Ovčarsko-kablarska klisura predstavlja jedno od retkih mesta u Srbiji gde se može sresti veliki broj vrsta divljih orhideja. Do sada je poznato 19 vrsta koje krase floru klisure. Neke od najpoznatijih vrsta su kaćunak (Orchis morio) , kaćun (Orchis simia), mačkovo uvo (Ophris cornuta), pčelica (Orchis apifera) i druge.